镇沅是国内一类林区县、云南省重点林区县之一，是思茅松中心分布区。至2022年末，全县有林地面积32.9万公顷，占国土总面积的79.45%。森林面积31.6万公顷，活立木总蓄积量3665.98万立方米，森林覆盖率76.33%；有草原面积0.91万公顷，草原综合植被覆盖度达 87.69 %；湿地面积0.43万公顷，湿地保护率达52.68%。

哀牢山国家级自然保护区是1988年5月9日国务院以国发（1988）30号文批准成立的国家级自然保护区，保护区涉及云南省三州（市）六县（市），包括普洱市的景东彝族自治县、镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县等。哀牢山南北长约102公里，平均宽5公里，总面积共有67700公顷，其中镇沅分区面积为9676公顷，位于哀牢山中段西坡，呈狭长形、南北走向，直线距离为东西宽1～6公里，南北长40多公里，最高海拔3137.6米。保护区镇沅县境内有各种高等植物1486种，属国家重点保护野生植物有中华桫椤（树蕨）、红豆杉、红椿、野茶树、云南山茶花等42种；各类陆生野生动物800多种，鸟类约323种，爬行及两栖类约65种，属国家和省重点保护的野生动物有灰叶猴、蜂猴、黑长臂猿、豹等63种。保护区保存着中国最原始、最完整的亚热带中山湿性常绿阔叶林，保护区森林资源丰富，森林质量高，生物多样性丰富，发挥着重要的森林生态服务功能。